北家、新町家、室町家
三井家は、本家にあたる総領家を含め１１家に分かれていますが、三井記念美術館には、主に北家（総領家）、新町家、室町家伝来の文化財が収蔵されています。それぞれの著名なものを見ていくと、北家（総領家）伝来品は、三井文庫別館開設時に１１代当主・旧男爵の三井八郎右衛門から寄贈されたもので、円山応挙が三井家のために描いた「雪松図」、国宝２件を含む刀剣類、藤原定家の日記の一部である「熊野御幸記」、金剛右京家伝来の能面類などが著名です。新町家伝来品は、１０代当主・旧男爵の三井高遂から寄贈されたもので、火葬墓から出土した墓誌としては日本最古の年紀をもつ「船氏王後墓誌」が著名です。室町家伝来品は、１９９３年に寄贈されたもので、日本製の陶磁器としては数少ない国宝のひとつである、志野茶碗「卯花墻」が著名です。